接下來會有一連串介紹我在研究所時所學到的序列分析軟體
因為研究需要啦，所以這些軟體還滿常用的
一方面作為複習吧
一方面也是因為太無聊
所以把之前替實驗室寫的軟體說明再修改以後 Po 上來
希望對有在用這套軟體的人有點幫助
另外我是用學校買的正版
由於軟體是有版權的
不提供謎檔
請大家見諒
本篇要介紹的是一套在台灣各大院校能見度相當高的軟體-VectorNTI
相信很多學校都有買這套軟體 (我們學校也有買)
也因為它的功能真很多
所以就把一些內附的功能抽出來分開講
而這次要介紹的是我使用頻率最高的 Contig Express
這個功能我大部分都是用來作定序完的 DNA sequence 比對
或是用來抓出目標基因的位置，好設計 primer 用
以下就簡述一下大致上的用法吧
1. 定序完成的後續比對
定序完成以後，負責定序的公司會給你兩股序列 (我都叫它們正反股)，而這個動作就是把兩股的其中一股反轉，在加以比對，以完成一條完整的序列，相信生科人對這都相當熟悉吧。
a. 將要比對的序列載入：
通常定序公司幫你定序完成之後，都會給你兩股序列的 ab1 檔或是 seq 檔，而 ab1 檔是包含序列裡各個 base 訊號強弱的檔案，而比對這些訊號的強弱也可確認定序的成功與否；而 seq 檔只有純粹的序列文字檔 (ATCG….)，就沒包含 base 的強弱訊號。
選 “Project –> Add fragments”，接下來會出現一堆檔案類型，其實隨便選一種都 OK。
接下來只要把檔案類型選成所有檔案就好啦，就可以看到全部檔案了。
再來就是選取檔案，ab1 或 seq 檔都可以，也可以複數選取。
b. 開始分析序列：
序列開啟完成以後，將要比對的序列選取，在點一下 “Assemble Selected” 就可以開始比對了。
比對完成!!!
再來對著 “Contig” 左鍵連點兩下，就會出現比對結果。
如果序列方向不對就對上面那個序列方向的模擬圖點右鍵，選 “Reverse Complement Assembly” 就會整個換方向了。
比對完成的結果，程式會自動把一股反轉，所以不用自己在那邊對互補對來對去，想當初一開始學對序列，學長姊是教我們 “肉眼觀察法”，對到要拖窗~囧。
而在兩股序列間有差異的 base 則會以 “+”標起來，方便你找。
這時候就可以開啟序列的 ab1 檔進行比對啦，也為了這個因素，如果是要用 Contig Express 比對定序的序列，請務必直接丟 ab1 檔案下去。
開啟方法就是分別對兩股的目標 base 按右鍵，選 “Open Fragment” 。
開啟後會出現這個視窗，直接點 “Open” 開啟。
開啟好之後點一下還原 (紅框處)，就會把這個視窗縮小。
再來就把視窗稍微整理成為方便對照的樣子，我的習慣是像下圖一樣，後面打開得序列視窗只讓它露出 base 訊號。
如此一來就可以一直順著對下去，找到兩股相異的地方就一樣對比對結果 (Contig) 那個視窗的某個 base 點右鍵 –> Open Fragment，這樣下面的 base 訊號的反白部份也會跟著跑到你選的那個 base。
另外比對出的 Contig 序列也可以直接複製到記事本，配合 “Ctrl + F” 可以有效率的編輯。
2. 確認序列位置
其實這是我在找序列的相對位置用的
可以利用來設計 Primer
首先可以到 NCBI 等資料庫去找你要的序列
再和你要分析的序列一起丟進 ContigExpress 比對
就可以很容易的找到相對位置
另外也因為 ContigExpress 會自動翻轉序列以及有清楚的圖示
所以就好好的利用一下吧!
以上就是我有用到的功能啦
其實只用到很少功能說
歡迎大家討論
沒有留言:
張貼留言