話說過年打個麻將好像是台灣的傳統習俗 XD
但是無奈幾米蘇不太會,又不想在網路被別人電假的~Orz
所以就找了這個免費小程式來惡補一下好了
話說幾米蘇看食尚玩家其實也是最近的事情 (因為家裡最近才裝有線電視)
食尚玩家這節目其實早有耳聞了
之前也會去網路上找一些影片來看 (找景點的時候)
最近裝了有線電視之後更是成為這節目的粉絲阿~XD
幾米蘇喜歡的不僅僅是他們介紹的景點或是美食
更喜歡他們團隊裡面 "圃隴共" 的團隊氛圍
整個團隊就是很有向心力,像是個大家庭
(最近幾米在工作上遇到一些令人不開心的事,所以更有一種羨慕的感覺在裡面 T.T)
在上一篇幾米蘇介紹了 Blogger 的官方繼續閱讀,而其實我寫網誌大概都是用 Live Writer 比較多,所以找到了這個可以直接在 Live Writer 直接插入 Blogger 繼續閱讀的外掛。
其實 Blogger 的官方繼續閱讀語法已經出了有一段時間了,但是礙於幾米蘇之前已經有用別的繼續閱讀語法 (參照此篇: Blogger 繼續閱讀),所以一直就遲遲沒有用官方的語法。
接下來會有一連串介紹我在研究所時所學到的序列分析軟體
因為研究需要啦,所以這些軟體還滿常用的
一方面作為複習吧
一方面也是因為太無聊
所以把之前替實驗室寫的軟體說明再修改以後 Po 上來
希望對有在用這套軟體的人有點幫助
另外我是用學校買的正版
由於軟體是有版權的
不提供謎檔
請大家見諒
本篇要介紹的是一套在台灣各大院校能見度相當高的軟體-VectorNTI
相信很多學校都有買這套軟體 (我們學校也有買)
也因為它的功能真很多
所以就把一些內附的功能抽出來分開講
而這次要介紹的是我使用頻率最高的 Contig Express
這個功能我大部分都是用來作定序完的 DNA sequence 比對
或是用來抓出目標基因的位置,好設計 primer 用
以下就簡述一下大致上的用法吧
1. 定序完成的後續比對
定序完成以後,負責定序的公司會給你兩股序列 (我都叫它們正反股),而這個動作就是把兩股的其中一股反轉,在加以比對,以完成一條完整的序列,相信生科人對這都相當熟悉吧。
a. 將要比對的序列載入:
通常定序公司幫你定序完成之後,都會給你兩股序列的 ab1 檔或是 seq 檔,而 ab1 檔是包含序列裡各個 base 訊號強弱的檔案,而比對這些訊號的強弱也可確認定序的成功與否;而 seq 檔只有純粹的序列文字檔 (ATCG….),就沒包含 base 的強弱訊號。
選 “Project –> Add fragments”,接下來會出現一堆檔案類型,其實隨便選一種都 OK。
接下來只要把檔案類型選成所有檔案就好啦,就可以看到全部檔案了。
再來就是選取檔案,ab1 或 seq 檔都可以,也可以複數選取。
b. 開始分析序列:
序列開啟完成以後,將要比對的序列選取,在點一下 “Assemble Selected” 就可以開始比對了。
比對完成!!!
再來對著 “Contig” 左鍵連點兩下,就會出現比對結果。
如果序列方向不對就對上面那個序列方向的模擬圖點右鍵,選 “Reverse Complement Assembly” 就會整個換方向了。
比對完成的結果,程式會自動把一股反轉,所以不用自己在那邊對互補對來對去,想當初一開始學對序列,學長姊是教我們 “肉眼觀察法”,對到要拖窗~囧。
而在兩股序列間有差異的 base 則會以 “+”標起來,方便你找。
這時候就可以開啟序列的 ab1 檔進行比對啦,也為了這個因素,如果是要用 Contig Express 比對定序的序列,請務必直接丟 ab1 檔案下去。
開啟方法就是分別對兩股的目標 base 按右鍵,選 “Open Fragment” 。
開啟後會出現這個視窗,直接點 “Open” 開啟。
開啟好之後點一下還原 (紅框處),就會把這個視窗縮小。
再來就把視窗稍微整理成為方便對照的樣子,我的習慣是像下圖一樣,後面打開得序列視窗只讓它露出 base 訊號。
如此一來就可以一直順著對下去,找到兩股相異的地方就一樣對比對結果 (Contig) 那個視窗的某個 base 點右鍵 –> Open Fragment,這樣下面的 base 訊號的反白部份也會跟著跑到你選的那個 base。
另外比對出的 Contig 序列也可以直接複製到記事本,配合 “Ctrl + F” 可以有效率的編輯。
2. 確認序列位置
其實這是我在找序列的相對位置用的
可以利用來設計 Primer
首先可以到 NCBI 等資料庫去找你要的序列
再和你要分析的序列一起丟進 ContigExpress 比對
就可以很容易的找到相對位置
另外也因為 ContigExpress 會自動翻轉序列以及有清楚的圖示
所以就好好的利用一下吧!
以上就是我有用到的功能啦
其實只用到很少功能說
歡迎大家討論
在向隨身碟病毒說 Bye-EFix 之移除隨身碟病毒篇一篇中提到了在遇到隨身碟病毒後的簡易處理,但是俗話說得好,預防勝於治療 (XD),在這篇就介紹一個小巧,但是相當好用專門對抗隨身碟病毒的軟體-Wow! USB VirusKiller。
Wow! USB VirusKiller 網址:
http://antbsd.twbbs.org/~ant/wordpress/?p=1357
Wow! USB VirusKiller 下載頁面:
http://of.openfoundry.org/projects/906/download
其時這套 USB 防護軟體主要分兩個系列-Wow! USB Protector 以及 Wow! USB VirusKiller,以下節錄作者的說明:
Wow! USB Protector (以下簡稱 Protector) 在發現可疑的惡意程式時,會顯示出處理視窗,您可以依照你的需求選擇,其中有 “刪除” 與 “不理會” 等選項。
Wow! USB VirusKiller (以下簡稱 VirusKiller) 在發現可疑的惡意程式時,會將程式的檔名變更。例如,若可疑的惡意程式名為 “malware.exe”,則 VirusKiller 會在該程式的相同目錄下變更為 “malware.exe.suspicious”,此時這個可疑的惡意程式基本上已經沒有危害。這個更名動作也會用視窗顯示提醒。此時,您可以進入隨身碟或磁槽中,將該檔案手動移除,若您不確定的話,可以通知了解的人協助處理。
另外這兩套軟體不可同時存在,所以就依照自己喜好擇一安裝吧。基本上也是安裝完成就會開使作用啦,程式也提供一些基本功能,包括設定白名單等,另外程式也會自動更新病毒碼,但是主程式並不會自動更新喔,所以隨時注意 Ptt 的 AntiVirus 版或是作者網頁,大家也位這些替大家寫好用的防毒軟體的作者加油吧。
在你開啟你的硬碟或是隨身碟時是否會出現以上畫面呢?如果有的話,那你的電腦就是中了俗稱的隨身碟病毒啦!話說隨身碟病毒已經流傳了好久一段時間,也出現了滿多變種的,而且因為隨身碟大量的使用,所以流傳的很快,以我遇過的例子,只要一個人中了隨身碟病毒,大概像學校的公用電腦,或是平常沒在注意防毒的儀器用電腦大概也馬上會中標 (不過這兩種學校的電腦基本上本來就是大毒窟阿 XD),而本篇先介紹的 EFix 則是用來解決上圖所示之窘境的好用軟體。
EFix 作者網站:
http://reinfors.googlepages.com/
EFix 下載頁面:
http://reinfors.googlepages.com/download.html
EFix 其實是 PTT (台大批踢踢 BBS) AntiVirus 版的 junorn 所寫的一個小程式,除了解決隨身碟軟體所造成磁碟開啟異常外,還可利用文字腳本的方式來刪除檔案或登錄值來解決其它病毒問題 (這個功能建議必須上 PTT 做進一步的詢問以後再使用),而另一個 EFix Lite 則是單純用來解決隨身碟病毒的。
在使用方法上也相當簡單,就只要執行就好了,執行之後會有一個藍底的畫面,會告訴你正在掃描或刪除什麼,執行結束後會產生一個 Log 檔,說明程式刪除了哪些檔案。執行之後重開機,基本上磁碟開啟的問題就會解決了,而執行後建議再使用防毒軟體全部掃描一次。
最後要提醒的是,EFix 並不是掃毒軟體,平常沒事不需要執行它。而在這邊也替 junorn 鼓勵加油,EFix 真的給我這電腦白痴很大的幫助。
同樣是 LVCHEN 大的作品之一,到以下網頁先作一些設定並取得程式碼
http://lvchen716.googlepages.com/rp
在網頁加入此元件以後,可以把原來 Blogger 的 "標籤" 通能升級成像我放的那種進階版,記得也要放 Blogger 的標籤功能喔。
這邊開頭先說一下,因為 JimmySu 我周遭很多人因為更新 SP3 之後電腦變不正常,甚至發生有開機進不去 XP (包括安全模式) 的慘案,所以我本身是沒更新到 SP3 (囧);不過相對的,也有安全更新成功的人啦,但是更新成功過後,舊的破解 XP 外觀主題的 Patch 一定也會失效,在此篇就提供一個 SP3 用的破解主題的 Patch。
SP3 用破解主題 patch 下載網址:
http://jimmy0930fly.googlepages.com/UXTHEMESP3.rar
使用方法:
1. 解壓縮檔案後先打開 Replacer.cmd 會出現類似命令提示字元一樣的東西。
2. 打開你的電腦 C:\WINDOWS\system32 後,將 uxtheme.dll 檔案拖曳進剛剛的命令提示字元中,之後按一下ENTER 。
3. 打開剛剛解壓縮檔案裡 "6.0.2900.5512_TW (for XP SP3)" 這個資料夾,將資料夾裡面的 uxtheme.dll 在拖曳進剛剛的命令提示字元內,先按一下ENTER,再按 Y,確定後重開機即完成破解。
以上方法我自己並沒實際測試過喔,在此僅提供檔案讓有需要的人試試,也麻煩使用過的人回報一下是否可以用,感激不盡。
大家都應該多多少少看過以上視窗,這視窗出現就大概有心理準備了,剛剛的作業可能是做白工嚕~囧rz。關於這個問題大家可以先參考電腦玩物中所提過的一篇文章-出現「該記憶體不能為"written"」錯誤訊息的簡單解法。
以下我就整理我實際測試過比較有效的兩個方法:
方法一:
這個方法算是很常用的簡單解決方法,就是將 C:\WINDOWS\Prefetch\ 中所有檔案或是將 *.pf 檔全部刪除 (我是將所有檔案都刪掉),這樣就能暫時解決情形。
方法二:
使用方法一之後雖然沒馬上再出現情況,但是過一段時間又會出現問題,這時我是採用將所有 dll 重新註冊,方法如下:
1. 開始-->執行-->輸入 cmd
2. 輸入以下字串:
for %1 in (%windir%\system32\*.dll) do regsvr32.exe /s %1
可以用複製貼上的方法,避免打錯,輸入完之後會看到畫面一直在跑,大概會跑個幾分鐘,跑完之後就可以了。我是用了這個方法才解決的。
以上兩種方法給大家參考,但是造成該記憶體不能為"written" (或是 "read") 的錯誤訊息發生的原因其實比想像中的複雜許多,也可能是中毒、中木馬、記憶體壞掉、軟體本身問題、驅動程式等原因,所以其實很難抓出問題點,希望大家都不要遇到好了 XD,這時候又要說一句我常說的話啦-重灌最快啦~囧rz。
http://lvchen716.googlepages.com/
只要進入上述網址
輸入你的部落格網址,並依照網頁指示調整
最後按下顯示程式碼
就可以輕鬆安裝到你的部落格啦。
這個最新回應產生器是由 LVCHEN 大所創立
簡單又快速
1.進入 DOS 下命令提示字元 (執行輸入 cmd),輸入"convert D:/fs:ntfs" 按下enter (在此是將 D 槽轉換為例,可自行將其換為其它硬碟)
2.進行轉換(Y/N) 輸入 y 按下enter
3.exit 回到作業系統
4.馬上重新開機
先去Template → Edit HTML → 在Expand Widget Templates前面打勾,
在
<b:include data='blog'name='all-head-content'/>
<title><data:blog.pageTitle/></title>
和
<b:skin><![CDATA[/* 之間
插入
<script type="text/Javascript">
function hidePost(postUrl)
{
var label=document.getElementById("fullpost");
if(label!=null){
eA = document.createElement("a");
eA.setAttribute("href",postUrl);
eA.setAttribute("title","Read More");
eA.appendChild(document.createTextNode("...Read More"));
eB = document.createElement("p");
eB.setAttribute("id","read-more");
eB.appendChild(eA);
label.parentNode.appendChild(eB);
label.parentNode.removeChild(label);}
}
</script>
再往下找,
將
<p><data:post.body/></p>
換成
<p><data:post.body/></p>
<b:if cond='data:blog.pageType != "item"'>
<b:if cond='data:post.url'>
<script type='text/javascript'>hidePost('<data:post.url/>');</script>
</b:if>
</b:if>
這樣就修改完HTML的部份了!
以後,若文章太長,
便可以在打好文章內容後,將編輯視窗切換到 Edit Html,
將不想在首頁出現的部份, 放在
<div id="fullpost">
和
</div>
之間就 OK 啦。